En el año 1536 llega al río de la plata una expedición al mando del adelantado Pedro de Mendoza con el permiso correspondiente otorgado por el Rey Carlos V. El 3 de febrero funda el fuerte de Santa María de los Buenos Aires (en honor a la patrona de los navegantes), la región era habitada por los indios querandíes, muy belicosos.
Pronto los aborígenes comienzan a reaccionar con violencia. Mendoza envía una partida de 300 hombres que se enfrentan con los querandíes el día de Corpus Cristis, el 15 de Julio de 1536. Entre las victimas de los españoles encontramos al capitán Pedro de Luján que muere a orillas del río que hoy lleva su nombre.
En 1580, cuando Juan de Garay realiza la segunda fundación de Buenos Aires, a realizar el reparto de suerte de tierra, nombra por ves primera al río con el nombre de Luján. Otras teorías que el nombre proviene de una tribu que habitaba a orillas del río, la misma se llamaba Loja, y la otra Huyan o Schuyan.
Has aquí, una síntesis del origen del nombre de nuestra ciudad. En cuanto a su fundación, Luján tiene la particularidad de haber sido fundada no por obra del ser humano, sino, por un portento divino que manifiesta la voluntad de la Madre de Dios de quedarse en nuestra tierra.