En 1824 Bernardino Rivadavia ya había comenzado a implantar sus famosas reformas que alcanzarían los terrenos políticos, económicos, militar, educativo y religioso.
Luján sufre en carne propia estas reformas ya que su Cabildo fue suprimido y la virgen pierde no sólo su estancia, sino también sus joyas y los elementos de culto confeccionados con metales preciosos.
En medio de este clima hostil para la iglesia católica, se produce la visita de un grupo de sacerdotes.
Los mismos llegan a Luján el 27 de enero de1824, entre ellos se encontraba Juan M. Ferretti quién el 21 de junio de 1846 fue coronado en la Basílica de San Pedro como Sumo con el nombre de Pío IX, luego de la muerte de Gregorio XVI.
De esta manera Pío IX se convierte en el primer Papa que visita el santuario de Luján. Otros dos Pontífices lo hacen en épocas posteriores: Pío XII en 1934 y Juan Pablo II en 1982.