En 1755 Luján era declarada Villa y en virtud de dicho título, pasaba a poseer Regimiento, Justicia y también Cabildo, el único de la campaña bonaerense.

Lezica y Torrezuri pidió la creación del Cabildo de Luján en 1754 y en 1756 se aprueba oficializándose la creación en 1758. Llevó muchos años levantar el edificio, y la finalización de la obra corrió por cuenta del mismo Cabildo, con los ingresos que obtenía por derecho del pontazgo y también con los recursos propios. Momento de su cese en 1821, por orden de Bern Rivadane.
Desde 1758 hasta 1821 en el Cabildo estuvieron detenidos: los jefes ingleses Beresford y Pack. En 1814 fue confinado el General Belgrano y 4 años después el Brigadier Saavedra. En 1810, el Cabildo de Luján y la Primera Junta de Gobierno, comunicó a la junta su aprobación y acatamiento.
Desde 1835 hasta 1839 habitó en esta casa el General Paz, y en 1874 la habitaron el General Mitre, los coroneles Ocampo, Machado y González. En 1918 fue restaurado por el arquitecto Noel, siendo interventor nacional Don Luis Cantilo, quien también inauguró el Museo, desempeñando la gobernación de la provincia de Bs. As. el 12 de octubre de 1923 y se designó a Enrique Udaondo para que esté al frente del museo.
Límites que abarcaba la jurisdicción del Cabildo:
- Norte: Exaltación de la Cruz, parte de Pilar.
- Nordeste: Parte de Pilar, río de las Conchas (hoy río Reconquista).
- Este: Río Reconquista.
- Sudoeste: Navarro.
- Oeste: Frontera con el Despoblado y Lo Indios.