Con el merecido homenaje al P. Salvaire, en 1935, se había dado por finalizada la construcción de La Basílica. En realidad, todavía quedaban obras por completar y otras que rehacer, por el carácter evidentemente provisorio de las mismas.
La esbelta aguja de cobre, se sobre el centro de La Basílica fue construida en 1937, gracias a la ayuda de un Mecenas, al que recuerda una placa colocada a la entrada de La Basílica: «24 de octubre de 1937 – en memoria y agradecimiento a Alejandro F. Estrugamou – quien donó la flecha de esta Basílica».
El Padre Felipe Prat esa rector del Santuario. Los simples comulgatorios de hierro y madera, tanto del camarín como el altar mayor, desentonaban en lo que se refiere a estilo y valor artístico. En 1954, el Padre Juan A. Guérault, a poco de hacerse cargo del rectorado del Santuario, los reemplazó con las actuales barandas que conjugan armoniosamente al mármol veteado, el ónix y el bronce.
La Cripta no había escapado a los planes visionarios del Padre Salvaire, que imaginaba como espacio destinado a la celebración ordinaria del culto y administración de Sacramentos. Debido a las filtraciones de agua y a las periódicas inundaciones, la obra quedó paralizada durante decenios.
El Padre Justo Echevarría, bajo el rectorado del Padre Bernardo Landaburu, emprendió la ardua labor de remodelar la cripta, que sería denominada «Templo de América», porque fue destinada a recibir en sus capillas las imágenes de la Virgen María más populares en los diversos países americanos.
La extraordinaria inundación de 1967 y un posterior incendio doloso interrumpieron las obras, que fueron retomadas con vigor durante el rectorado del Padre Rafael Carli. La cripta fue abierta solamente al público el 6 de diciembre de 1980, como digno broche de oro de las celebraciones de los 350 años del «Milagro de Luján».